Il coronavirus SARS-CoV-2 si sta dimostrando meno stabile di quanto si ritenesse all’inizio della sua comparsa. Ha acquisito piccole mutazioni casuali, sotto forma di “errori” in una sola lettera del codice genetico virale, oppure di delezioni o inserzioni di tratti più lunghi. La maggior parte delle mutazioni non causa alcun cambiamento nella struttura o nel comportamento del virus, ma, negli ultimi mesi, sono state individuate diverse nuove varianti del virus originale che sembrano determinare significativi cambiamenti nell’azione del patogeno e nella sua contagiosità.

Conoscere le varianti

La Gran Bretagna ha eseguito quasi la metà di tutte le sequenze genomiche di SARS-CoV-2 depositate nel database globale GISAID. E’ il Paese con il tasso di sequenziamento più alto in Europa, circa il 7% dei campioni positivi. La Danimarca ha annunciato che presto verranno sequenziati tutti i tamponi positivi alla ricerca delle varianti. A livello globale, tuttavia, la sorveglianza genomica di SARS-CoV-2 è modesta: gli USA sequenziano meno dell’1% dei nuovi campioni e molti Paesi, specialmente in Africa, non hanno affatto dati di sequenziamento.

Il virus SARS-CoV-2 produce circa una o due mutazioni al mese, un numero piuttosto basso, e in effetti inferiore a quello di altri virus. Più il virus circola, tuttavia, più possibilità ha di cambiare.

Le varianti potrebbero rendere il virus più diffusivo e più efficace nell’eludere le difese del nostro sistema immunitario. Se esiste una resistenza immunitaria nella popolazione, i virus “cercano” ugualmente di infettare le cellule e, dopo molti tentativi, prevale naturalmente quel ceppo che riesce a superare tale resistenza. Di solito ciò è dovuto ad un cambiamento della proteina spike, che riconosce il recettore ACE2 senza essere intercettata dagli anticorpi o dai linfociti T. Pertanto, è la stessa difesa immunitaria che “seleziona” le varianti, dando ad esse la possibilità di vincere la concorrenza dei ceppi normali, che invece sono bloccati o soppressi.

Sono stati adottati criteri differenti per la denominazione delle varianti, infatti alcune hanno più di un nome. Ognuna ha importanti mutazioni che sono indicate da lettere e numeri che identificano la loro posizione nella sequenza del genoma virale.

 

  • Spagna
    Nomi: 20A.EU1, B.1.177 Mutazione rilevante: A222V
    La variante 20A.EU1, identificata per la prima volta in Spagna, contiene una mutazione chiamata A222V sulla proteina spike del virus. Nei test di laboratorio, gli anticorpi umani sono risultati leggermente meno efficaci nel neutralizzare i virus dotati della mutazione A222V. Nel corso di alcuni mesi, è divenuta dominante in Europa, ma gli epidemiologi non hanno mai osservato alcuna prova che fosse più trasmissibile dell’originale.
  • Regno Unito
    Nomi: 20I/501Y.V1, VOC 202012/01, B.1.1.7 Mutazione rilevante: N501Y
    Dati epidemiologici hanno indicato una contagiosità maggiore del 50% per la variante B.1.1.7 che contiene 17 mutazioni, diverse delle quali riguardano la proteina spike. Si è scoperto che una di esse, N501Y, aiuta il virus a legarsi più fortemente al recettore cellulare ACE2. Non è chiaro, però, se la maggiore contagiosità della variante deriva soltanto dalla N501Y o coinvolge anche altre mutazioni della proteina spike. Non ci sono prove certe che la variante sia più contagiosa nei bambini rispetto all’originale. Sia Pfizer sia Moderna affermano che i loro vaccini funzioneranno anche contro B.1.1.7. B.1.1.7 si distingue perché ha accumulato numerose mutazioni, apparentemente tutte insieme, probabilmente in un paziente immunocompromesso rimasto a lungo contagioso, trattato con monoclonali. Il virus non è stato eradicato ma è rimasto nel corpo a lungo, senza causare “malattia”. Maggiore è il tempo di permanenza del virus nelle cellule delle mucose, maggiori potrebbero essere le occasioni per mutare e generare una forma di spike (nel dominio RBD) che infetta più facilmente le cellule vicine.
  • Sudafrica
    Nomi: 20H/501Y.V2, B.1.351 Mutazioni rilevanti: E484K, N501Y, K417N
    La variante B.1.351 è apparsa circa nello stesso periodo di B.1.1.7 e si è diffusa rapidamente in Sudafrica. Oltre alla mutazione N501Y (come quella inglese), presenta la E484K, più insidiosa nell’eludere il sistema immunitario e i vaccini. Verifiche di laboratorio, hanno evidenziato che il siero dei pazienti COVID-19 era notevolmente meno efficace nel neutralizzare questa variante, e gli anticorpi dei vaccinati con Moderna e Pfizer mostravano un’attività neutralizzante contro il mutante ridotta rispetto alla loro attività contro il virus originale.
  • Brasile
    Nomi: B.1.1.28, VOC202101/02, 20J/501Y.V3, P.1 Mutazioni rilevanti: E484K, K417N/T, N501Y
    Nomi: VUI202101/01, P.2 Mutazione rilevante: E484K
    In Brasile sono state individuate due nuove varianti che sembrano essere sorte indipendentemente. La P.1 contiene più mutazioni della P.2 (anche se entrambe hanno E484K), ed è già stata osservata in Giappone e in altri paesi.